Lönen på Folkhälsomyndigheten varierar beroende på vilken tjänst och erfarenhetsnivå man har. Generellt sett erbjuder myndigheten konkurrenskraftiga löner för att attrahera kompetenta medarbetare inom områden som epidemiologi, hälsorådgivning, administration och forskningsstöd. Löner kan sträcka sig från cirka 28 000 kronor per månad för nyutexaminerade till över 50 000 kronor för mer seniora positioner eller specialister. Utöver grundlönen kan tillkomma förmåner såsom tjänstepension, flexibla arbetstider och möjlighet till vidareutbildning.
Det är viktigt att notera att lönen kan påverkas av faktorer som anställningstyp, geografisk placering och individuella avtal.